それは名義株というのですが、将来相続が発生したときに、それは実際に出資した人の財産になるので、申告漏れが指摘されることになります。
ですから、実態に合わせて、両者においてその真実の名義人を確認する書面を作成し署名押印しておいたほうがいいです。
法人税の申告書では実質の株主に訂正しておきます。

名義変更時に株式の贈与があったものとして贈与税が課税されることもあり得ますので、名義株であることを証明するため書面を作成しましょう。

そうですね、親族間では名義を借りることは結構あります。税務署もそのように考えますでしょうね。社長さんと奥さんの名義になっているが,これは実際には社長さんが全額出したのではないかと。

税務署側も名義株だと断定する根拠はなかなかつかむのは難しいことです。
資金の出どころから間違いないという根拠がなければそんなことはできません。
が、トラブルを避けるため、配当したときには奥さん分の配当金は奥さん個人の口座に振り込むような事実を残した方がいいです。
特に出資金の額が多い場合は、それぞれの資金の出どころがわかるようにしておきましょう。その人の口座から出ていることがわかるように。